Często pojawia się pytanie jak doinstalować OS/2 obok Linuxa i często obok Windows na jednym dysku. Dzisiaj w epoce dużych dysków twardych taka konfiguracja jest w zupełności wykonywalna. Aby jednak współpraca była możliwa należy przestrzegać kilku zasad :
 

• Trzeba ściągnąć nowy plik  ibm1s506.add,
• C: Primary DOS Partitoon na Windows - proponuję 1GB  Reszta to dyski logiczne na Extended Dos Partition (fdisk OS-owy  zakłada  automatycznie z chwilą utworzenia pierwszego dysku logicznego),
• D: OS/2 - max. 2GB. Opisana dalej granica partycji przeznaczonej na OS/2 dotyczy dysku około 6 GB. Dla innych napędów będzie inna i jest zależna od geometrii danego napędu. Dokładnie rzecz biorąc chodzi o 1024 cylindry. Tak więc jeśli partycja OS/2 będzie wystawać dla podanego dysku ponad 3 GB (1024 cylindry) (C: + D: > 3 GB) - OS/2 nie wystartuje.
Jak sprawdzić w takim razie czy D: jest dobrze założony:
- spartycjonować dysk
- sformatować D: w HPFS
- sysinstx d:
- spróbować wystartować OS/2 z partycji - jeśli pojawi się kwadracik z  napisem "OS/2" i komunikat błędu to OK, jeśli czarny ekran - partycję na  OS/2 trzeba zmniejszyć i powtórzyć powyższe operacje.
- gdy będzie OK, uruchomić instalację (Advanced!), ustawić "Installable" i przeprowadzić instalację.

• E:, F:, G: - reszta dowolnych dysków logicznych na partycji  Extended (rozszerzonej), a nie partycji podstawowych.
• Na samym końcu: Boot Manager.
• LILO nie wystartuje OS/2. Musi być tak:  Boot Manager OS/2 startuje LILO, a ten dopiero Linuxa. Oznacz to że LILO musi być zainstalowany na partycji Linuxa, a nie w tablicy partycji.

Dla przykładu - sprawdzona konfiguracja:
C: 1 GB - Windows FAT Primary
D: 2 GB - OS/2   HPFS Logical Drive
E: 2 GB - dane   FAT Logical Drive
F: 1 GB - dane   HPFS Logical Drive
Boot manager (na samym końcu!)