Pierwszy z nich pozwala w praktyce na koegzystencje tylko DOS (Windows) z OS/2, drugi to już dowolne kombinacje. Ograniczenia pierwszego wynikają z wyboru systemu plików ,z którego można uruchomić oba systemu a takim jest FAT.Oba systemy sa tutaj instalowane na jednej partycji. Takie rozwiązanie nie jest korzystne dla OS/2 bo nie pozwoli na korzystanie z długich nazw plików.

Pozostaje więc Boot Manager. Właściwie jest to samodzielny program ,który można instalować bez OS/2. W stosunku do innych programów służących do takiego samego celu takich jak LILO z Linuxa i NT Loader z Windows NT odznacza się wyjątkową prostotą obsługi.

W zasadzie do jego zainstalowania potrzebny jest tylko fdisk z OS/2, który występuje zarówno na dyskietkach instalacyjnych jak i narzędziowych (utworzyć je można po instalacji za pomocą programu zawartego w folderze "Konfiguracja systemu" "System setup") i wolne miejsce do utworzenia partycji podstawowej. Program fdisk automatycznie instaluje taki typ partycji i program zarządzający startem systemu. Czynności użytkownika ograniczają się do nadania nazwy jaka charakteryzować będzie daną partycję. Boot Manager pozwala na start systemu zainstalowanego nawet na drugim dysku.

W przypadku gdy chcemy ominąć ten program i na stałe ustawić dany system wystarczy ustawić znacznik aktywnej partycji dowolnym fdiskiem (może być z DOS lub Windows).